Harry Potter y el misterio del príncipe cuenta al igual que con el juego anterior con la exploración total de Hogwarts, y se obtienen recompensas al encontrar emblemas de Hogwarts, que pueden encontrarse en cualquier parte del colegio, aunque más de la mitad de los emblemas totales son inaccesibles hasta tener el hechizo adecuado para que lleguen hacia Harry. También pueden aparecer mini-emblemas en los objetos que brillan con mucha intensidad, al final juntando muchos mini-emblemas pueden construirse emblemas.

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