El repack normal es la versión normal de Resident Evil 3 que se lanzo en español en el 2000, la versión SourceNext es una versión posterior (creo que de 2006) que solo salió en Japonés, pero que (en teoría) es mas compatible con ordenadores modernos, la librería de Gemini (Classic REbirth) esta hecha para la versión SourceNext y es una serie de parches y arreglos que corrigen algunos problemas de la versión SourceNext, además de añadir otras mejoras que puedes ver en el configurador, Classic REbirth también permite cargar mods como la traduccion o este
ModHD por ejemplo.
No se cual será tu problema exactamente, pero acabo de probarlo y el juego funciona perfectamente con la traducción (y sin ella XD), solo tienes que seleccionarla al inicio, nada de intentar "toquetear" el archivo "mod_spanish_translation_RC6_crypto", ya que no te dejara (esta encriptado), el archivo funciona perfectamente, te dice que esta dañado porque intentas abrirlo como no debes, pero repito, no tienes que tocar nada, solo seleccionar la traducción al empezar a jugar.

Si has instalado el juego en Archivos de Programa puede que te de problemas, instálalo fuera de Archivos de Programa.
Las "lineas" que nombras son normales en la versión normal, y que no te funcione el mando también es lo normal, hablamos de un juego que no ha envejecido muy bien, los wrapper no hacen efecto y no podemos hacer mucho mas por el, pero por eso mismo la version SourceNext y la libreria de Gemini es tan de agradecer, en la version SourceNext veras algunas lineas, pero solo aparecen a veces, no llegan a molestar, y si ya le pones el ModHD pues lo veras todo mucho mejor y sin lineas XD