Veamos si se puede hacer algo, lo primero, espero que con "Setup" te refieras al archivo Config.exe, la 3ª opción (Configurar Resolución) del final de la instalación, si no es así, aclárame a que archivo te refieres con "Setup".
Por otro lado, si no se ejecuta el Config (si se desmarca la 3ª casilla o se le da a Cancelar en el configurador)) es normal que de el error, el juego necesita la configuración para funcionar, a mi me funciona bien tal cual esta, primero se instala el Wrapper dgVoodoo, después el fix de video (que no interfiere con nada ya que solo es un dll), y por ultimo salta el "Configurador" permitiendo seleccionar el Wrapper dgVoodoo en la configuración ya que se ha instalado antes, por lo que dices, eso que te dice "Please run wacky setup" es por no configurarlo al final de la instalación, por lo que te pediría que probaras de nuevo, instala el juego y NO desmarques ninguna casilla final, si aparece el configurador, te permite seleccionar dgVoodoo y le das aceptar, no debería saltar ese mensaje, prueba y dime si te salta o no el configurador y que te permite seleccionar, pero si salta el configurador y configuras la opción dgVoodoo no debería salir ese mensaje, seguro que lo configuraste bien la primera vez?
Puede que lo instalaras en Archivos de Programa y el configurador por el tema de los permisos no creara bien el archivo de configuracion? Prueba instalando en C:\nombre del juego a ver que tal.
Por lo que dices has cambiado el orden de las cosas que aparecen al final, y eso también se puede configurar el repack, aquí te dejo uno que primero hace saltar el Config, permitiendo seleccionar tu grafica (aunque según la grafica puede que no te deje seleccionar resolución) pero no dgvoodoo ya que aun no se ha instalado, y después de configurar el juego instalara finalmente dgvoodoo y el fix.
La única diferencia es que con el repack inicial seleccionas el wrapper en la configuración y con este solo podrás seleccionar tu grafica, en este caso el orden no altera el producto, solo la "grafica" a usar, y el mensaje que dices que te sale ocurre cuando NO se configura el juego, pero bueno, a ver que te cuentas con este repack, si alguien mas pudiera probar ambos y dar su opinión seria estupendo, aunque yo no veo diferencias, a ver si aclaramos si es mejor configurar el juego con la grafica de cada uno (aunque a veces no permita seleccionar resolución, lo cual creo que casi da igual porque al instalar dgvoodoo después este hace su magia de igual forma XDDD) o con dgvoodo.
DESCARGAR REPACK 2: Se inicia primero el config en lugar de al final.